De oorzaak van een lichamelijke stoornis kan toe te schrijven zijn aan gehele of gedeeltelijke beperkingen van de zenuwgeleiding, maar kan ook biochemisch van aard zijn. De kern van de Brain Stimulating Method-De Jong® betreft het stimuleren van de bij de stoornis betrokken hersengebieden en verbeteren van de biochemie rekening houdend met de wetten van het lichaam.